水生植物在生态水处理中具有重要的功能。所谓生态水处理就是通过水生动植物和菌类的联合作用，在水域中人为地建立起一个生态系统，从而使整个水体自身调节能力增加，无需过滤和专人管理，能克服过滤循环等传统水质维护方式中人力财力投入大，环境二次污染等缺陷。首先它能固着池塘边的泥土，防止雨水的冲刷。其次，水生植物高低错落，形态各异，有很好的景观装饰效果。最重要的还是水生植物的水质净化作用。像荷花、水葱等挺水植物能吸收水底泥中氮、磷等营养元素，通过竞争途径抑制同样吸收氮、磷等营养元素的藻类的繁殖。它还能阻挡和凝聚水中的悬浮物、高分子有机物，降低水的浑浊度。沉水植物、浮叶植物和漂浮植物也具有类似的功能。
　　水生植物对有毒物质也有很强的吸收、分解净化能力。如水葱可在浓度高达600毫升/升的含酚废水中正常生长，每100克水葱经100小时可净化一元酚202毫克。1公顷凤眼莲一昼夜可吸收酚100千克。水生植物还对重金属有极强的富集能力。
　　因此，20世纪70年代后，水生植物去污逐渐发展成为一种技术，在我国的湖水、城市污水治理中水生植物也得到了越来越多的应用。云南建了上千亩的水生植物基地供净化滇池使用；江苏太湖、武汉东湖也在尝试使用水生植物改良水质；北京市水利科学研究所在北京通州建了260亩的水生植物基地，今年夏季，基地的部分产品已开始在北京的几条河道中使用。北京的水少，自我净化能力很差，市内河道污染严重，水体失去了生态平衡。要修复水体，仅靠工业去污是不够的还需要大量使用水生植物进行生态修复，而且后一种方式更安全、经济，这种生态处理水的技术在欧美发达国家现在也很受重视。
　　中国科学院武汉植物园园艺中心一名研究水生植物的专家说，水生植物有去污作用，能增加周围空气的湿度，减少尘埃，提高负氧离子的含量，还能在小范围内起到调节气候的作用。过去，由于我国长期以粮为纲，水草消失得很快，很多水体的生态链被打破了，要恢复这种生态链首先要恢复水中的植物。相信随着国家经济实力和人们环保意识的增强，今后水体改良、生态治污会是一个热点，目前人们对水生植物普遍缺乏了解，特别是对被专业人士称为"水下森林"的沉水植物，这也导致了很多部门在污水治理中重机械设备、轻植物生态的做法，加强这方面知识的宣传刻不容缓了。